सोडियम हाइपोक्लोराइट के कीटाणुशोधन सिद्धांत में मुख्य रूप से तीन पहलू शामिल हैं:
हाइड्रोलिसिस के माध्यम से हाइपोक्लोरस एसिड बनता है, और हाइपोक्लोरस एसिड आगे विघटित होकर नई पारिस्थितिक ऑक्सीजन बनाता है। नई पारिस्थितिक ऑक्सीजन का मजबूत ऑक्सीकरण गुण बैक्टीरिया और वायरस पर प्रोटीन जैसे पदार्थों को नष्ट कर देता है, जिससे रोगजनक सूक्ष्मजीव मर जाते हैं।
हाइपोक्लोरस एसिड बैक्टीरिया (वायरस) में प्रवेश कर सकता है और कार्बनिक पॉलिमर जैसे बैक्टीरिया (वायरल) प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड और एंजाइम के साथ प्रतिक्रिया कर सकता है, जिससे रोगजनक सूक्ष्मजीवों को मार दिया जा सकता है।
हाइपोक्लोरस एसिड द्वारा उत्पादित क्लोराइड आयन बैक्टीरिया और वायरस के आसमाटिक दबाव को महत्वपूर्ण रूप से बदल सकते हैं, जिससे उनकी कोशिकाएं अपनी सक्रियता खो देती हैं और मर जाती हैं।